L'unione doganale è l'elemento essenziale del mercato comune. L'istituzione di un'unione doganale ultimata nel 1968 costituiva l'obiettivo principale dopo la firma del trattato di Roma. Le misure più importanti prevedevano:

• l'eliminazione di tutti i dazi doganali e di tutte le restrizioni tra gli Stati membri;
• l'introduzione di una tariffa doganale comune (Tdc) applicabile in tutta la Comunità  europea alle merci provenienti dai paesi terzi (le entrate così ottenute fanno parte delle risorse proprie della Comunità);
• la politica commerciale comune come componente esterna dell'Unione doganale (la Comunità  parla con voce unanime a livello internazionale).

Sono state elaborate procedure e regole comuni ed è stato introdotto un documento amministrativo unico (Dau) destinato a sostituire i diversi documenti precedentemente utilizzati. Con l'entrata in vigore del mercato unico nel 1993 sono stati aboliti sia i controlli regolari alle frontiere interne che le formalità  doganali. Pertanto la riscossione delle accise dell'Iva e la raccolta di dati statistici non rientrano più tra le competenze dei servizi doganali degli Stati membri.La Comunità  ha concluso una serie di accordi speciali sia al fine di facilitare gli scambi economici come quello relativo allo spazio economico europeo (See) sia per promuovere lo sviluppo offrendo accesso preferenziale ai mercati europei come nel caso della Convenzione di Lomé firmata con i paesi dell'Africa dei Caraibi e del Pacifico (Acp). Gli obiettivi futuri prevedono la promozione di una cooperazione sempre più stretta tra le amministrazioni nazionali e la lotta contro la frode attraverso i successivi programmi Dogana 2002 e Dogana 2007. Una delle priorità  del programma Dogana 2007 consiste nel continuare ad aiutare gli Stati membri ad adattare i loro sistemi in modo da gestire il libero scambio ed effettuare i controlli doganali alle nuove frontiere esterne dell'Unione europea.