E' l'Organo deputato a dirimere le controversie tra paesi ed è in pratica rappresentato dal Consiglio generale Wto che ha la responsabilità di tutti gli accordi sottoscritti nell'ambito dell'Atto finale. Le nuove regole in materia di risoluzione delle dispute prevedono che il Consiglio sulla base del rapporto predisposto da un collegio giudicante (panel) possa richiedere al paese chiamato in causa di modificare le proprie politiche se non conformi ai principi generali Wto. Inoltre è istituito un Organo di appello permanente (Appellate Body Ab) al quale ciascun paese può ricorrere se non condivide il rapporto predisposto dal panel.