E' il soggetto responsabile dell'attuazione del Qcs e dei programmi operativi. Si tratta di organismi pubblici o privati nazionali regionali o locali designati dallo Stato membro per la gestione di un intervento finanziato dai fondi comunitari (regolamento CE n.1260 del 1999 articolo 9). L'Autorità  di gestione del Qcs 2000-2006 obiettivo 1 e del Pon Atas è il Servizio per le Politiche dei Fondi strutturali comunitari del Dipartimento per le politiche di sviluppo e coesione del Ministero dell'Economia e delle Finanze.