Gli assi prioritari sono le sei aree di intervento in cui si articola il Qcs 2000-2006. Rappresentano le priorità strategiche per le scelte di investimento da realizzare nel periodo di programmazione (regolamento CE n. 1260 del 1999 articolo 9):

• Asse I: Valorizzazione delle risorse naturali e ambientali (Risorse naturali)
• Asse II: Valorizzazione delle risorse culturali e storiche (Risorse culturali)
• Asse III: Valorizzazione delle risorse umane (Risorse umane)
• Asse IV: Potenziamento e valorizzazione dei sistemi locali di sviluppo (Sistemi locali di sviluppo)
• Asse V: Miglioramento della qualità  delle città  delle istituzioni locali e della vita associata (Città)
• Asse VI: Rafforzamento delle reti e nodi di servizio (Reti e nodi di servizio)